《進(jìn)化東京》的前世今生：故事發(fā)生在21世紀(jì)初葉的日本，此時(shí)的年號是“平誠”。雖然鎖國政策已經(jīng)完結(jié)，但德川幕府的統(tǒng)治還在繼續(xù)。在富士山的山腳有一間巨大教育機(jī)構(gòu)——武應(yīng)學(xué)園塾。這里的部分學(xué)生對德川家進(jìn)行反抗，學(xué)生會執(zhí)行部稱其為“豐臣狩獵”，并對其進(jìn)行鎮(zhèn)壓。

游戲的主人公——柳生道場的代理師傅柳生宗朗，雖世代為德川效力，但他卻對執(zhí)行部的鎮(zhèn)壓行動抱有疑問，為此卻被學(xué)生會命令撤走道場。撤走期限即將來臨之際的一天晚上，宗朗與真田幸村后藤又兵衛(wèi)被學(xué)生會直轄部隊(duì)追殺逃進(jìn)柳生道場秘密房間后，突然從天空墮下一名手持雙刀的美少女。自稱柳生十兵衛(wèi)三嚴(yán)的少女擊退了強(qiáng)襲道場的服部忍者，從此之后，就有眾多日本歷史上的武將以少女身份出現(xiàn)在宗朗面前。

以“武應(yīng)學(xué)園”為據(jù)點(diǎn)的抗?fàn)?，已拉開帷幕！

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